Tout dépend du contenu de ton MKV, tu peux le "démuxer" et récupérer la vidéo, le son, les sous-titres.
Ensuite, tu prends par exemple Virtual Dub ou autre (ou un logiciel qui sait "remuxer" des flux vidéos), et tu peux rassembler la vidéo et le son sans avoir du MKV (du .avi par exemple)
Après, ça dépend du format final et si ton disque dur multimédia le lira.
Mais sinon, c'est une solution assez rapide (ça prend 2 minutes à faire vu qu'il n'y a pas de réeencodage)
"MKVExtract" fait la première partie par exemple.
C'est quoi comme marque sinon ? Moi j'en ais un dans le genre, une peekbox 3 (qui lit pas mal de trucs d'ailleurs, enfin pas le mkv de mémoire, et qui ne prend pas les vidéos HD mais bon ça je m'en tappe, je n'en ais pas

et la TV du salon n'est pas HD donc ça ne servirait à rien de toute façon). Ca lit quand même pas mal de trucs. Par contre, je l'ai acheté vide moi, que le boitier, j'avais un disque dur 80 Go qui ne servait plus à rien donc je l'ai recyclé dedans)
Et les quelques fichiers réticents perso, je les réeencode. Une fois que tu sais le faire, c'est assez facile (tu peux les mettre à la chaîne en plus). Bon, j'ai un gros PC, ça aide bien (Core 2 Duo [Dual Core] 2.66 Ghz et 2 Go de Ram) mais bon, j'en faisais déjà sur l'ancien et ce n'était pas si lent que ça.